A településről Monostorapáti néven 1468-ban találunk említést.
II. Ulászló alatt a kolostor elvesztette jelentőségét, rohamosan hanyatlott. Az 1540-es években teljesen elnéptelenedett, szerzetesei is elhagyták. Az egykori Nagy hadút vonalán fekvő község sokat szenvedett a töröktől, főleg Vázsony várának török hódoltsága alatt, illetve 1561-ben, amikor egy évre Hegyesd vára is megszállás alá került. Hosszú ideig volt a török hódoltsági terület határán, melynek során számtalan portyát, pusztítást és kegyetlenkedést szenvedett el, melyről számos monda, és emlék maradt fönn. Egyesek szerint ennek az emlékét őrzi a sok „Török” családnév (64 család, különféle melléknevekkel: Kis-Török, Nagy-Török, Török-Kuti, Török-Bognár, Török-Ádám, stb.), valamint a község déli, valamikor erősen vízmosásos része, amely a Gidina nevet viseli, vagy egyik dűlője a különös hangzású Zsibátor. Mások (köztük Sebestyén Gyula) a nevek eredetét a honfoglalásig vezetik vissza.
A török kiűzése után egyházi birtok lett. 1715-ben a helység földesura a veszprémi püspök. A 18. századra a falu kiheverte a hódoltság okozta károkat, ismét népes hellyé vált. 1787-ben 699 lakosa volt, többségük zsellér. 1855–ben kolerajárvány dúlt, 95 halottat jegyeztek fel. 1868–ben tűzvész pusztított, 120 lakás égett le. 1877–ben felosztanak 600 kataszteri hold közbirtokossági erdőt, hogy a lakosság gazdasági helyzetén mezőgazdasági területekkel javítsanak.
1893-ban a lakosság már 1112 fő. A nyomor egyre általánosabbá vált, így a lakosság a falun kívül keresett megélhetést. A Balaton-felvidéki szőlőkbe kapálni, Mencshelyre, Tótvázsonyba aratni, csépelni jártak. Naponta gyalog tették meg az utat a 2-3 óra járásnyira fekvő községekbe. Télen a fő kereseti forrás a favágás volt.
Az I. világháborúban összesen 132 embert hívtak be. Ezek közül 31 nem tért többé haza, a hadirokkantak száma 27 fő. Az „1919-es mozgalom” irányítói Babos Gyula tanító és Rohonczy Károly jegyző voltak, ezek az eszmék azonban Monostorapátiban nem vertek gyökeret.
A falu fekvéséből adódóan a 19. század folyamán a fő megélhetési forrást a szőlőtermelés és az állattenyésztés jelentette. Az egyre nagyobb településen 1925-ben már 14 iparos, két szatócsüzlet, és három kocsma látta el a helyi igényeket. A második világháború után, 1949-ben alakult meg a termelőszövetkezet, villamosították a községet. Az 1950-es megyerendezésig Zala vármegyéhez tartozott. A 60-as, 70-es években az Eger-völgyében található termelőszövetkezeteket egyesítették, benne többek között szőlőműveléssel, borászattal, erdőműveléssel, állattenyésztéssel foglalkoztak. 1990-ben számolták fel.
1996-2010 között Monostorapáti is csatlakozott a Művészetek Völgye rendezvénysorozathoz, s így ez az esemény is meghatározó lett a falu kulturális életében. 2011-ben civil kezdeményezésre, de az egyházközség égisze alatt kezdődött meg az almádi Szűz Mária és Mindenszentek bencés monostor maradványainak megmentésére irányuló munka.
